A principal diferença entre as estruturas iso e neo é que o prefixo iso se refere a um composto orgânico contendo todos os átomos de carbono, exceto um formando uma cadeia contínua, enquanto o prefixo neo se refere a um composto orgânico contendo todos os átomos de carbono, exceto dois formando uma cadeia contínua.
Usamos prefixos em química orgânica para distinguir uma molécula orgânica de outra. Usamos esses prefixos junto com o nome do composto. Como esses prefixos são específicos para diferentes grupos funcionais em moléculas orgânicas, podemos identificar facilmente moléculas orgânicas, mesmo que tenham estruturas químicas intimamente relacionadas.