A principal diferença entre a endopeptidase e a exopeptidase é que a endopeptidase quebra as ligações peptídicas dentro das moléculas de proteína, enquanto a exopeptidase cliva as ligações peptídicas nos terminais das moléculas de proteína.
As proteínas são macromoléculas importantes, essenciais para a maioria das reações bioquímicas que ocorrem em todos os organismos. Diferentes aminoácidos se unem e formam essas proteínas. Além disso, as enzimas catalisam a hidrólise das proteínas de volta aos aminoácidos. São enzimas específicas chamadas proteases ou peptidases. Portanto, eles têm a capacidade de quebrar as cadeias peptídicas de proteínas em aminoácidos. Além disso, as peptidases podem ser endopeptidases ou exopeptidases.