A principal diferença entre auxotróficos e prototróficos é que auxotróficos são microrganismos mutantes que perderam a capacidade de produzir um composto orgânico específico necessário para seu crescimento, enquanto prototróficos são microorganismos de tipo selvagem que são capazes de produzir todos os compostos orgânicos necessários.
Os microrganismos apresentam diferentes modos de nutrição. Particularmente, as bactérias têm habilidades diferentes. Algumas bactérias são capazes de fotossintetizar e produzir seu próprio alimento, enquanto outras vivem em relações simbióticas com seu organismo hospedeiro e obtêm nutrientes. Além disso, algumas bactérias degradam a matéria orgânica e adquirem nutrientes. Auxotróficos e prototróficos são dois grupos de microrganismos que diferem com base em sua capacidade de produzir compostos orgânicos para seu crescimento. Os protótrofos podem sintetizar todos os compostos orgânicos necessários para o seu crescimento, enquanto os autótrofos são incapazes de produzir um composto orgânico específico que é essencial para o seu crescimento devido a uma mutação.
