A principal diferença entre DNA e cDNA é que o DNA contém exons e íntrons, enquanto o cDNA contém apenas exons.
O DNA e o cDNA são dois tipos de ácidos nucleicos constituídos por desoxirribonucleotídeos. O DNA é uma das macromoléculas mais importantes dos organismos vivos que compõem o genoma. O genoma contém a informação genética geral de um organismo. Constitui diferentes tipos de sequências, incluindo exões que são sequências codificantes e intrões que são sequências não codificantes. Por outro lado, cDNA ou DNA complementar é outra forma de DNA que é sintetizada artificialmente a partir de moléculas de mRNA pelos cientistas. Uma vez que o cDNA deriva de modelos de mRNA, ele não contém sequências ou íntrons não codificantes.