A principal diferença entre CDS e cDNA é que CDS ou sequência de codificação é a parte de um transcrito que é realmente traduzido em proteína, enquanto a sequência de cDNA é uma sequência de DNA derivada do mRNA por transcrição reversa.
Um gene é uma sequência de nucleotídeos que codifica uma proteína. Consiste em diferentes regiões como região promotora, sítio de iniciação da transcrição, exons, códon de início, íntrons e códon de parada. Portanto, um gene possui sequências codificantes e não codificantes. Sequências de codificação ou CDS referem-se aos exons e dois códons, que são o códon de início e o códon de parada. É a sequência que realmente é traduzida em uma proteína. Em contraste, o cDNA é uma sequência de DNA derivada do mRNA por transcrição reversa.
