A principal diferença entre antígeno e patógeno é que o antígeno é uma substância estranha, toxina ou uma molécula que pode estimular uma resposta imunológica para produzir anticorpos contra ela, enquanto o patógeno é um organismo, especialmente um micróbio, que infecta nosso corpo e causa doenças.
Patógenos são quaisquer organismos estranhos que causam doenças em plantas e animais hospedeiros. Um antígeno é uma molécula localizada na parede celular de bactérias ou no revestimento de organismos. O antígeno faz com que nosso sistema imunológico produza anticorpos contra ele e protege nosso corpo de organismos estranhos nocivos.
