A principal diferença entre complementação e recombinação é que a complementação é a capacidade de dois mutantes em combinação para restaurar um fenótipo normal, enquanto a recombinação é a troca de material genético entre os cromossomos, resultando em alterações físicas nos cromossomos.
Complementação e recombinação são dois conceitos que produzem organismos geneticamente diferentes. A complementação restaura o fenótipo normal quando dois mutantes se combinam, enquanto a recombinação dá origem a um organismo com composição genética alterada devido à troca de material genético entre organismos.