A principal diferença entre Cosmid e Phagemid está no tipo de sequências que contém. Um cosmídeo contém um sítio cos e um plasmídeo. Portanto, é um vetor híbrido enquanto um fagomídeo é um plasmídeo que contém uma origem de replicação F1 do fago F1.
Cosmídeos e fagemídeos são usados para fins de clonagem, especialmente para clonar fragmentos maiores de DNA. Estes são amplamente utilizados, especialmente na clonagem de genes responsáveis pela produção de várias proteínas. Cosmídeos e fagemídeos são replicados sozinhos como plasmídeos ou são empacotados em partículas virais e então replicados.
