A principal diferença entre bandagem cromossômica e pintura cromossômica é que bandagem cromossômica é uma técnica de coloração que exibe regiões de cromossomos em bandas claras e escuras distinguíveis, mas a pintura cromossômica é uma técnica de hibridização na qual regiões ou segmentos específicos de cromossomos são pintados com sequências específicas sondas marcadas com fluorescência.
Em citogenética, é necessário produzir um cariótipo visível de um organismo para identificar os cromossomos e suas aberrações. A bandagem cromossômica e a pintura cromossômica são duas técnicas citogenéticas que ajudam a visualizar os cromossomos. Ambas as técnicas são úteis na identificação de doenças genéticas.