A principal diferença entre a plastoquinona e a plastocianina é que a plastoquinona é uma molécula transportadora lipofílica que transfere elétrons para a plastocianina por meio do complexo da proteína citocromo b6f. Mas, a plastocianina é uma pequena proteína de cobre azul solúvel em água que aceita um par de elétrons do complexo do citocromo b 6 f e o passa para o fotossistema I no espaço tilacóide.
A fotossíntese tem dois tipos de reações: reações dependentes de luz e reações independentes de luz. Esses dois tipos de fotossistemas desempenham um papel importante nas reações dependentes de luz. Eles são fotossistema I e II. Os fotossistemas são grandes complexos de proteínas e pigmentos ou moléculas que absorvem luz. Eles capturam energia da luz solar. P700 é o centro de reação do fotossistema I, enquanto P680 é o centro de reação do fotossistema II. Cada fotossistema absorve luz e produz ATP por fotofosforilação. Eles também produzem NADPH. Vários tipos de aceptores de elétrons participam das reações dependentes de luz. Plastoquinona e plastocianina são dois tipos de moléculas envolvidas na cadeia de transporte de elétrons.
