A principal diferença entre bacterioclorofila e clorofila é que os fototróficos anoxigênicos, como bactérias roxas, heliobactérias e bactérias sulfurosas verdes, etc., têm bacterioclorofilas, enquanto fototróficos oxigenados, como plantas verdes, algas e cianobactérias, têm clorofilas.
Existem dois tipos de fotossíntese; fotossíntese oxigenada e fotossíntese anoxigênica. Existem também dois tipos de pigmentos fotossintéticos como clorofila e bacterioclorofila. Fototróficos oxigenados têm clorofila, enquanto os fototróficos anoxigênicos têm bacterioclorofila. A bacterioclorofila e a clorofila são semelhantes na estrutura geral. Mas eles diferem nas substituições ao redor do anel e no comprimento e substituições na cauda do fitol. Existem quatro tipos de clorofilas, enquanto existem sete tipos de bacterioclorofilas.
