A principal diferença entre cis ciclohexano e trans ciclohexano é que cis ciclohexano tem seus substituintes apontando para o mesmo plano do anel, enquanto trans ciclohexano tem seus substituintes apontando para planos opostos.
Ciclohexano é um cicloalcano no qual um anel de carbono de seis membros que existe na conformação da cadeira. Na conformação da cadeira, este composto apresenta a menor deformação angular; portanto, é mais estável do que outras conformações possíveis. Além disso, nesta conformação, metade dos átomos de hidrogênio ligados aos átomos de carbono estão no plano do anel. Chamamos isso de posicionamento equatorial. A outra metade está localizada perpendicularmente ao plano do anel. Chamamos isso de posicionamento axial. Quando existem dois ou mais substituintes no ciclohexano, podemos observar o isomerismo cis e trans observando se os substituintes estão na posição equatorial ou na posição axial.
