A principal diferença entre o knockout e o knockdown do gene é que o knockout do gene é uma técnica em que o gene de interesse é completamente removido (estado inoperante) para estudar as funções do gene, enquanto o knockdown do gene é outra técnica em que o gene de interesse é silenciado para investigar o papel do gene particular em um sistema biológico.
Diferentes técnicas genéticas estão em operação para investigar o funcionamento dos genes nos sistemas biológicos vivos. O knockout e o knockdown de genes são duas dessas técnicas. Essas técnicas ajudam os cientistas a identificar aspectos funcionais de diferentes genes em organismos vivos.