A principal diferença entre knock in e knockout está no método usado para criar um organismo transgênico. No gene knock in, a inserção de um novo gene ocorre, enquanto no gene knockout, a remoção de um gene existente ocorre para criar um organismo transgênico.
Os organismos transgênicos são organismos com uma constituição genética alterada. 'Organismos recombinantes' é um sinônimo para eles. Na maioria dos casos, os organismos transgênicos contêm características benéficas. Ao criar organismos transgênicos, os genes se tornam o alvo. De acordo com a necessidade, um gene pode ser introduzido ou removido. O knock in de gene refere-se à introdução de um novo gene, enquanto o knockout de gene se refere à remoção de um gene.