A principal diferença entre o gene holândrico e o gene ligado ao sexo é que o gene holândrico é uma forma de gene ligado ao sexo localizado no cromossomo Y, enquanto o gene ligado ao sexo é um gene localizado nos cromossomos sexuais.
Um par de cromossomos sexuais pode decidir o sexo de humanos e outros mamíferos. Os homens têm cromossomos XY, enquanto as mulheres têm cromossomos XX. Os cromossomos X e Y não são homólogos. Eles também não carregam os mesmos genes. O cromossomo Y é mais curto e carrega um pequeno número de genes em comparação com o cromossomo X. Os genes no cromossomo X são conhecidos como genes ligados ao X. Da mesma forma, os genes localizados no cromossomo Y são conhecidos como genes ligados a Y ou genes holandricos. Os genes ligados ao X e ao Y são comumente conhecidos como genes ligados ao sexo.