A principal diferença entre o gene epistático e o gene hipostático é que o gene epistático é um gene que influencia a expressão de outro gene em um locus diferente, enquanto o gene hipostático é o gene que está sujeito à interferência do gene epistático.
Certos genes dependem de outros genes não alélicos para suas expressões. A epistasia é uma forma de interação gênica na qual um gene interfere ou mascara a expressão de outro gene localizado em um locus diferente. Portanto, é uma espécie de interação de genes não alélicos. Nessa interação gênica especial, dois genes interagem, e eles são o gene epistático e o gene hipostático. Consequentemente, o gene que mascara a expressão de outro gene é conhecido como gene epistático, enquanto o gene cuja expressão é afetada é conhecido como gene hipostático.
