A principal diferença entre a sinalização intracelular e intercelular é que a sinalização intracelular é a comunicação dentro da célula, enquanto a sinalização intercelular é a comunicação entre as células.
As células liberam moléculas de sinalização para células-alvo e se comunicam entre si por meio de moléculas de sinalização em organismos multicelulares. As células-alvo têm receptores em suas superfícies celulares e no citoplasma para receber sinais e agir de acordo. Além disso, dentro da célula, a comunicação ocorre entre as organelas e o núcleo para realizar funções celulares. Portanto, existem dois tipos de comunicação celular: sinalização ou comunicação intracelular e comunicação ou sinalização intercelular.