A principal diferença entre pepsina e protease é que a pepsina é um tipo de protease, enquanto a protease é uma enzima que cliva a proteína em aminoácidos.
As proteínas são macromoléculas importantes feitas de diferentes aminoácidos. Os aminoácidos são os blocos de construção das proteínas e se polimerizam em proteínas por ligações de amida. Algumas enzimas podem quebrar proteínas em aminoácidos e são conhecidas como proteases. Existem diferentes tipos de proteases que diferem de acordo com o mecanismo de hidrólise. Entre eles, a pepsina, que é uma protease gástrica, é um desses tipos.
