A principal diferença entre a especificidade do substrato e a especificidade da ligação é que a especificidade do substrato é a capacidade de uma enzima de escolher o substrato exato com o qual pode se ligar a partir de um grupo de compostos semelhantes, enquanto a especificidade da ligação é a capacidade de uma enzima de escolher substratos com ligações semelhantes e estruturas semelhantes.
Os termos especificidade de substrato e especificidade de ligação vêm no campo da bioquímica, no que diz respeito à atividade de enzimas. Podemos definir uma enzima como um catalisador biológico. Isso significa que as enzimas são compostos que podem aumentar a taxa de funções biológicas que ocorrem nas células, mas não são consumidas durante a função. O termo especificidade refere-se à maneira como uma enzima particular se liga a um substrato particular.