A principal diferença entre o exoesqueleto e o endoesqueleto é que o exoesqueleto é um esqueleto externo presente fora do corpo de um animal, enquanto o endoesqueleto é um esqueleto interno presente dentro do corpo de um animal.
O corpo de um organismo vivo, seja uma abelha ou um ser humano, é uma rede complexa de diferentes órgãos. Esses órgãos desempenham várias funções próprias, além de estarem conectados entre si para um corpo harmonioso, equilibrado e funcional. Todos são maravilhas complexas da natureza, pois cada espécie tem uma característica especial própria. Alguns possuem apenas um endoesqueleto, enquanto outros possuem apenas um exoesqueleto, enquanto outros possuem ambos como suporte. Como o nome sugere, o exoesqueleto se localiza fora do corpo, enquanto o endoesqueleto se localiza dentro do corpo. O esqueleto externo protege e também apóia o corpo do animal. Por outro lado, o endoesqueleto dá suporte e proteção aos órgãos internos mais frágeis e frágeis, como coração, pulmões e rins, etc.