A principal diferença entre o DNA procariótico e eucariótico é que o DNA procariótico flutua livremente no citoplasma, enquanto o DNA eucariótico se situa no interior do núcleo.
Existem duas categorias principais de organismos vivos, como procariontes e eucariotos. Eles diferem uns dos outros por sua organização celular. Conseqüentemente, os procariontes têm uma organização celular simples. Eles não têm um núcleo e organelas ligadas à membrana. Por outro lado, os eucariotos têm uma organização celular complexa. Eles têm um núcleo verdadeiro que contém DNA e também organelas celulares ligadas à membrana. Todos os procariotos são unicelulares, enquanto os eucariotos podem ser organismos unicelulares ou multicelulares. Procariotos e eucariotos contêm principalmente genomas de DNA. Seu DNA é empacotado em cromossomos. Como os procariontes não têm núcleo, seu DNA flutua livremente no citoplasma. No entanto, em eucariotos, os cromossomos situam-se dentro do núcleo. Portanto, a membrana nuclear envolve todo o DNA eucariótico.