A principal diferença entre a inibição autogênica e recíproca é que a inibição autogênica é a capacidade de um músculo relaxar quando experimenta um alongamento ou aumento da tensão, enquanto a inibição recíproca é o relaxamento dos músculos de um lado de uma articulação para acomodar a contração do outro lado aquela junta.
Os músculos se alongam e relaxam. Para manter as contrações musculares, existem mecanorreceptores presentes nas células musculares que enviam informações ao nosso sistema nervoso central. O fuso muscular e o órgão do tendão de Golgi (GTO) são dois órgãos sensoriais do reflexo de estiramento. Os músculos se contraem em resposta ao alongamento dos músculos. O GTO inibe a ativação muscular para diminuir a tensão dos músculos e tendões.
A inibição autogênica e recíproca são dois tipos de relaxamentos reflexos que protegem os músculos de danos e lesões. O relaxamento de inibição autogênica é a capacidade do músculo de relaxar enquanto está experimentando aumento de tensão. Isso é feito pelo GTO. Em contraste, o relaxamento de inibição recíproca é o relaxamento do músculo oposto quando o músculo agonista experimenta um alongamento.