A principal diferença entre corpos de Golgi e mitocôndrias está na função que desempenham. A principal função dos corpos de Golgi (ou aparelho de Golgi) é a modificação, classificação e empacotamento de proteínas para secreção, enquanto a principal função da mitocôndria é a produção de moeda de energia da célula (ATP) por meio da respiração.
As células eucarióticas contêm organelas celulares como corpos de Golgi, mitocôndrias, lisossomas, ribossomos, núcleos, etc. Estas são organelas vitais necessárias para as funções celulares. Os corpos de Golgi são uma parte do sistema de endomembrana que compreende vesículas e membranas dobradas, enquanto as mitocôndrias são organelas em forma de feijão ligadas por membrana dupla encontradas em células eucarióticas.