A principal diferença entre mitocôndrias e cinetoplasto é que as mitocôndrias são organelas de células eucarióticas que produzem energia (ATP). Enquanto isso, o cinetoplasto é uma rede de DNA circular presente no interior de uma grande mitocôndria, especificamente em protozoários da classe Kinetoplastea.
As células eucarióticas têm diferentes tipos de organelas celulares. Essas diferentes organelas desempenham funções diferentes dentro da célula viva. Destas, as mitocôndrias são uma das organelas ligadas à membrana vistas em uma célula eucariótica. Eles são as organelas responsáveis pela produção de energia (na forma de ATP) nas células. Portanto, eles são considerados potências da célula. As mitocôndrias têm seu próprio genoma, que é o DNA circular herdado da mãe. Kinetoplast é a rede de DNA circular vista na grande mitocôndria dos organismos pertencentes à classe Kinetoplastida. Portanto, os cinetoplastos são vistos apenas neste subdomínio eucariótico.
