A principal diferença entre mitocôndrias e cloroplasto é que as mitocôndrias são as organelas celulares ligadas à membrana que geram energia nas células eucarióticas, enquanto o cloroplasto é um tipo de organela de células eucarióticas que realiza fotossíntese em plantas e algas.
Ambas as mitocôndrias e cloroplasto são duas grandes organelas encontradas nas células eucarióticas. Na verdade, eles são os geradores celulares de células eucarióticas. Essas duas organelas e células bacterianas simbióticas compartilham algumas características estruturais, como a capacidade de auto-replicação, presença de DNA circular e ribossomos semelhantes, etc. Devido a essas semelhanças, os cientistas acreditam que as mitocôndrias e o cloroplasto evoluíram de pequenas bactérias simbióticas. A endossimbiose é a teoria que explica esse fenômeno. Além disso, eles apresentam algumas semelhanças estruturais e funcionais, uma vez que ambas as organelas participam ativamente do metabolismo energético das células eucarióticas. No entanto, há uma diferença significativa entre mitocôndrias e cloroplastos com base em suas fisiologias.