A principal diferença entre os ácidos graxos cis e trans é que os ácidos graxos cis têm dois átomos de hidrogênio ligados à ligação dupla no mesmo lado da cadeia de carbono, enquanto os ácidos graxos trans têm os dois átomos de hidrogênio ligados à ligação dupla no oposto lados da cadeia de carbono.
Os ácidos graxos são ácidos carboxílicos contendo longas cadeias de carbono alifáticas que são saturadas ou insaturadas. Isso significa que a cadeia alifática pode ou não conter ligações duplas entre os átomos de carbono. Os ácidos graxos cis e trans são duas formas de ácidos graxos insaturados.