A principal diferença entre CFC e HCFC é que o CFC contém apenas átomos de carbono, flúor e cloro, enquanto o HCFC contém átomos de hidrogênio, carbono, flúor e cloro. Mais importante ainda, o CFC causa uma grave redução do ozônio, mas o HCFC, comparativamente, tem um impacto muito menor na camada de ozônio.
As estruturas químicas do CFC e do HCFC se relacionam entre si de acordo com os elementos químicos presentes nessas estruturas. No entanto, em relação à estrutura química, a diferença entre o CFC e o HCFC é que o CFC não possui átomo de hidrogênio, enquanto o HCFC contém átomo de hidrogênio. O CFC é conhecido por contribuir para a destruição da camada de ozônio. Portanto, é uma substância prejudicial. O HCFC é um bom substituto para essa substância prejudicial.