A principal diferença entre eutrofização e sucessão é que a eutrofização ocorre em um corpo aquático, enquanto a sucessão ocorre em qualquer habitat.
A eutrofização e a sucessão são mudanças graduais que ocorrem no meio ambiente. Eles são processos importantes desencadeados por substâncias naturais e não naturais ou ocorrências que não podem ser interrompidas pelos homens quando ocorreu. A eutrofização causa poluição das águas e, consequentemente, afeta a flora e a fauna aquáticas. Uma vez que a eutrofização ocorre, ela reduz a penetração da luz, e também aumenta a demanda biológica de oxigênio e diminui o oxigênio dissolvido. Por outro lado, a sucessão faz com que se constitua uma comunidade ao longo do tempo.