A principal diferença entre o biorreator e o fermentador é o tipo de reação bioquímica que ocorre dentro dos recipientes fechados. Um biorreator facilita todos os tipos de reações bioquímicas, mas um fermentador facilita apenas a fermentação.
A aplicação da Biotecnologia na indústria é uma área interessante da Ciência. Essas aplicações variam de aplicações microbianas a aplicações baseadas em animais. Além disso, as aplicações industriais da Biotecnologia variam entre áreas principais, como agricultura, medicina e várias indústrias. Biorreatores são vasos fechados nos quais as condições necessárias são criadas para facilitar diferentes tipos de reações bioquímicas. Os fermentadores pertencem ao grupo dos biorreatores, mas é especialmente para fazer apenas fermentação.