A principal diferença entre ressonância e efeito mesomérico é que a ressonância é o resultado da interação entre pares de elétrons isolados e pares de elétrons de ligação, enquanto o efeito mesomérico resulta da presença de grupos substituintes ou grupos funcionais.
Os dois conceitos químicos de ressonância e efeito mesomérico determinam a estrutura química exata de uma molécula orgânica. A ressonância surge em moléculas com pares de elétrons isolados em qualquer um dos átomos da molécula. O efeito mesomérico surge se uma molécula possui substituintes ou grupos funcionais. Ambos os fenômenos são comuns em moléculas orgânicas.