A principal diferença entre o efeito fundador e o efeito gargalo é que o efeito fundador ocorre quando um pequeno grupo em uma população se separa da população original e forma um novo, enquanto o efeito gargalo ocorre quando a população se contrai significativamente em um tamanho menor devido a desastres naturais como terremotos, inundações e incêndios.
A deriva genética é um fenômeno que é muito mais provável de ocorrer em pequenas populações e mais improvável de ocorrer em grandes populações. Basicamente, ocorre devido a mudanças aleatórias nas frequências alélicas, que podem levar ao desaparecimento de alguns genes de pequenas populações. Em última análise, a deriva genética causa menos diversidade genética e variação nas populações. também causa o desaparecimento de algumas variantes de genes completamente das populações. Além disso, pode fazer com que alguns alelos raros se tornem mais frequentes do que antes e até mesmo fixos. Existem dois tipos de deriva genética: o efeito gargalo e o efeito fundador. Eles causam reduções extremas nas populações.