A principal diferença entre o DMSO e o MSM é que o DMSO é um composto organossulfurado que existe na fase líquida, enquanto o MSM é um composto organossulfurado que existe na fase sólida.
O termo DMSO significa dimetilsulfóxido, enquanto o termo MSM significa metilsulfonilmetano. Ambos são compostos organossulfurados. Que significa; esses compostos têm átomos de enxofre ligados a compostos orgânicos. A principal diferença entre o DMSO e o MSM está na fase da matéria em que esses compostos existem à temperatura ambiente. Existem também algumas outras diferenças além dessa diferença fundamental.