A principal diferença entre as raízes parasitas e as micorrizas é que as raízes parasitas são as raízes de plantas parasitas não fotossintéticas, enquanto as micorrizas são um tipo de associação mutualística que existe entre as raízes de uma planta superior fotossintética e um fungo.
O parasitismo e o mutualismo são duas associações simbióticas existentes entre duas espécies diferentes que vivem juntas. O parasitismo é benéfico apenas para o parasita, uma vez que o parasita obtém alimentos e outras necessidades do hospedeiro enquanto o prejudica. Por outro lado, o mutualismo beneficia ambos os parceiros que estão na associação. As micorrizas são um tipo de associação mutualística que ocorre entre uma planta superior e um fungo. O fungo vive nas raízes das plantas superiores. As plantas superiores fornecem alimentos para o fungo, enquanto o fungo absorve água e nutrientes do solo para a planta.