A principal diferença entre o líquen e as micorrizas é que o líquen é uma associação mutualística que existe entre uma alga / cianobactéria e um fungo, enquanto a micorriza é um tipo de associação mutualística que ocorre entre as raízes de uma planta superior e um fungo.
Mutualismo é um dos três tipos de simbiose que ocorre entre duas espécies diferentes de organismos. Ao contrário dos outros dois tipos, o mutualismo beneficia ambos os parceiros que estão na associação. Líquen e micorrizas são dois exemplos comuns de associações mutualísticas. Ambos são relacionamentos ecologicamente importantes. Duas partes do líquen são algas ou cianobactérias e um fungo. Por outro lado, duas partes das micorrizas são raízes de uma planta superior e um fungo.