A principal diferença entre opsonização e neutralização está na maneira como executam a resposta imunológica. Na opsonização, os patógenos são marcados antes de serem destruídos, enquanto na neutralização, o efeito do patógeno é neutralizado.
As respostas imunológicas podem ser inatas ou adaptativas. Os patógenos possuem receptores de reconhecimento de patógenos, que facilitam sua identificação pelo hospedeiro. Na opsonização, o hospedeiro produz opsoninas. No entanto, na neutralização, o hospedeiro produz anticorpos neutralizantes para neutralizar o efeito da reação anticorpo-antígeno.