A principal diferença entre Agnathans e Gnathostomata é que Agnathans são organismos que não possuem uma mandíbula, enquanto Gnathostomata são organismos com mandíbulas. Essa diferença fundamental desempenha um papel importante na forma de alimentação que eles sofrem.
Agnathans são peixes sem mandíbula. Gnathostomata são peixes que têm mandíbulas. Ambos os agnathans e Gnathostomata são muito importantes na determinação das relações evolutivas. Eles são vertebrados e vivem em ambientes aquáticos. Eles apresentam padrões variados de sobrevivência. No entanto, os primeiros organismos de cada grupo estão extintos.