A principal diferença entre o arquêntero e o blastocele é que o arquêntero é o intestino primário formado durante a gastrulação no zigoto em desenvolvimento, que mais tarde se desenvolve no tubo digestivo, enquanto o blastocele é uma cavidade interna cheia de fluido ou gema da blástula formada durante a blastulação.
A fecundação é o evento de reprodução sexuada que forma um zigoto diplóide. O zigoto eventualmente se transforma em um embrião. O embrião passa por divisões mitóticas e diferenciação celular, formando um embrião multicelular. A mórula é um estágio inicial do embrião, que contém 16 células. Mórula torna-se a blástula na sétima clivagem. Blastula contém 128 células. É uma esfera oca de células em torno de uma cavidade interna cheia de fluido. E essa cavidade da blástula cheia de líquido é conhecida como blastocele. A blástula dobra-se para dentro e aumenta para formar a gástrula, que é uma estrutura de várias camadas contendo camadas germinativas primárias. Archenteron é o intestino primário localizado na gástrula. Archenteron se desenvolve posteriormente no tubo digestivo.
