A principal diferença entre a variação antigênica e de fase é que a variação antigênica é o mecanismo que se refere à expressão de proteínas, carboidratos ou lipídios antigenicamente distintos em suas superfícies, enquanto a variação de fase é a ativação e desativação reversível de alta frequência da expressão do fenótipo.
Variação antigênica e de fase são dois tipos de mecanismos moleculares usados por patógenos para evitar respostas imunes do hospedeiro. Eles estão relacionados entre si. Esses mecanismos permitem que micróbios, especialmente bactérias, se adaptem a mais de um ambiente. Como resultado da fase e da variação antigênica, um fenótipo heterogêneo de uma população bacteriana clonal é formado. Nesta população, as células individuais expressam proteínas de fase variável ou uma das múltiplas formas antigênicas da proteína. Essas variações são principalmente estratégias de virulência executadas por patógenos.
