A principal diferença entre a mutação silenciosa e neutra é que a mutação silenciosa é um tipo específico de mutação neutra que não tem um efeito observável no fenótipo do organismo, enquanto a mutação neutra é uma mudança na sequência de DNA que não é benéfica nem prejudicial à capacidade de um organismo para sobreviver e se reproduzir.
Uma mutação é uma mudança que ocorre na sequência de nucleotídeos do DNA. A mutação pode ocorrer devido a fatores ambientais como fumaça de cigarro e luz ultravioleta ou devido a ataques virais, produtos químicos fortes, etc. As mutações nas células germinativas passam para as próximas gerações, enquanto as mutações nas células não germinativas (mutações somáticas) não passam nas próximas gerações, e eles afetarão a sobrevivência de um único organismo. Mutações silenciosas não resultam em mudanças na sequência de aminoácidos da proteína codificada. Mutações neutras não causam um efeito observável no fenótipo do organismo.
