Diferença chave - Exome vs Sequenciamento de RNA
O sequenciamento de ácido nucleico é a técnica que determina a ordem dos nucleotídeos em um fragmento específico de DNA ou RNA de um organismo. O sequenciamento é importante na identificação da composição do DNA e do RNA da célula e na distinção de certos genes que codificam proteínas funcionais; assim, o sequenciamento pode ser usado para entender as mutações desses genes e as expressões gênicas. O método de sequenciamento Sanger ou os métodos de sequenciamento de última geração mais avançados são os métodos de sequenciamento comumente utilizados. O sequenciamento do exoma é o sequenciamento do conjunto completo de exons ou regiões codificantes do DNA presentes em um organismo, enquanto o sequenciamento do RNA é o procedimento de sequenciamento dos ácidos ribonucléicos (RNA). Esta é a principal diferença entre o exoma e o sequenciamento de RNA.
CONTEÚDO
1. Visão geral e principal diferença
2. O que é sequenciamento de exoma
3. O que é sequenciamento de RNA
4. Semelhanças entre o exoma e o sequenciamento de RNA
5. Comparação lado a lado - Exoma vs sequenciamento de RNA em forma tabular
6. Resumo
O que é sequenciamento de exoma?
O exoma é um subconjunto do genoma que consiste nos genes codificadores de um determinado organismo. Os genes codificadores são denominados exons e são transcritos em mRNA e, em seguida, traduzidos em sequências de aminoácidos. Durante as modificações pós-transcricionais, o mecanismo de splicing do RNA em eucariotos remove os íntrons (regiões não codificantes) e os exons permanecem. Existem duas técnicas principais nas quais o sequenciamento do exoma é feito: baseado em solução e baseado em array.
No sequenciamento de exoma baseado em solução, as amostras de DNA são fragmentadas usando enzimas de restrição ou método mecânico e desnaturadas pelo calor. Nesta técnica, sondas oligonucleotídicas biotiniladas (iscas) são usadas para hibridizar seletivamente com regiões alvo no genoma. Esferas magnéticas de estreptavidina são utilizadas para a etapa de ligação. A ligação é seguida por uma etapa de lavagem em que as sequências não ligadas e não direcionadas são removidas. Os alvos ligados são então amplificados usando a reação em cadeia da polimerase (PCR) e, em seguida, são sequenciados usando sequenciamento Sanger ou técnicas de sequenciamento de última geração.
Figura 01: Sequenciamento de exoma
O método baseado em array também é semelhante ao método baseado em solução, exceto que os fragmentos de DNA são capturados em um micro array e, em seguida, as etapas de ligação e lavagem seguem antes de serem sequenciados.
O sequenciamento de exoma é usado em muitas aplicações, como diagnóstico genético de doenças, em terapia gênica, na identificação de novos marcadores genéticos, na agricultura para identificar várias características agronômicas benéficas e em procedimentos de melhoramento de plantas.
O que é sequenciamento de RNA?
O sequenciamento do RNA é baseado no transcriptoma, que é os transcritos completos da célula. Os principais objetivos do sequenciamento de RNA são catalogar todas as espécies do transcrito, incluindo mRNA, RNA não codificante e RNA pequeno, para determinar a estrutura transcricional dos genes e quantificar os níveis de expressão de cada transcrito durante o desenvolvimento. Durante o sequenciamento de RNA, as tecnologias de hibridização (que eram DNA complementar derivado de sequências de mRNA maduras) foram inicialmente utilizadas para o sequenciamento. Atualmente, uma técnica mais precisa e avançada é usada para o sequenciamento de RNA.
Figura 02: Sequenciamento de RNA
No sequenciamento de RNA, uma amostra de RNA que pode ser RNA total ou RNA fracionado é convertida em seu DNA complementar (cDNA) usando a transcrição reversa e uma biblioteca de cDNA é preparada. Cada fragmento de cDNA é anexado a adaptadores em ambos os lados (sequenciamento de extremidade do par) ou em um lado (sequenciamento de extremidade única). Essas sequências marcadas são sequenciadas usando sequenciamento Sanger ou próxima geração, como sequenciamento de exoma.
Quais são as semelhanças entre o exoma e o sequenciamento de RNA?
- Fragmentos curtos selecionados ou todo o conjunto de DNA / RNA podem ser usados para o sequenciamento de exoma ou RNA.
- Fragmentos sequenciados são preservados em bibliotecas.
- O sequenciamento Sanger ou o sequenciamento da próxima geração podem ser usados.
- Ambos são métodos de sequenciação in vitro.
- Os fragmentos sequenciados podem ser determinados por marcadores fluorescentes.
Qual é a diferença entre o exoma e o sequenciamento de RNA?
Artigo Diff meio antes da tabela
Sequenciamento de exoma vs RNA |
|
| O sequenciamento de exoma é o sequenciamento do conjunto completo de exons ou regiões codificantes de DNA presentes em um organismo. | A sequenciação de RNA refere-se ao procedimento de sequenciação de ácidos ribonucleicos (RNA); o transcriptoma. |
| Amostra inicial | |
| O DNA genômico é a amostra inicial do sequenciamento do exoma. | O RNA é a amostra inicial do sequenciamento de RNA. |
| Composição | |
| Este contém apenas regiões codificantes do DNA total conhecidas como Exons | Este contém RNA-mRNA / transcriptoma. |
| Sequenciamento | |
| Existem dois métodos principais de sequenciamento de exoma; tecnologias baseadas em soluções e em array. | O sequenciamento do RNA é feito por meio da preparação de uma biblioteca de cDNA pela extração do RNA total ou do RNA fragmentado. |
Resumo - Exome vs Sequenciamento de RNA
Exoma é o conjunto completo de regiões codificantes de um organismo e as técnicas envolvidas na determinação da ordem exata dos nucleotídeos do Exoma são conhecidas como sequenciamento de exoma. O sequenciamento de RNA é a técnica envolvida na determinação da ordem dos nucleotídeos do RNA de um organismo. Esta é a diferença entre o exoma e o sequenciamento de RNA.
Baixe a versão em PDF do Exome vs Sequenciamento de RNA
Você pode baixar a versão PDF deste artigo e usá-la para fins off-line de acordo com a nota de citação. Faça o download da versão em PDF aqui. Diferença entre exoma e sequenciamento de RNA
