A principal diferença entre os vetores de inserção e substituição é que o vetor de inserção tem a capacidade de inserir comprimentos moderados de DNA estranho, enquanto o vetor de substituição tem a capacidade de acomodar comprimentos maiores de DNA estranho.
Os vetores fágicos são os bacteriófagos usados para clonagem. Existem dois tipos de vetores de fago; eles são vetor de inserção e vetor de substituição. Além disso, todos os vetores de fago consistem em genes não essenciais. No entanto, esses genes devem ser removidos dos fagos para facilitar novas inserções de DNA estranho.