A principal diferença entre as bactérias fotossintéticas e quimiossintéticas é que as bactérias fotossintéticas obtêm energia da luz solar para produzir carboidratos, enquanto as bactérias quimiossintéticas obtêm energia da oxidação de substâncias inorgânicas para produzir carboidratos.
Os organismos podem ser categorizados com base em seu modo de nutrição. Autótrofos e heterótrofos são duas dessas categorias principais. Os autótrofos podem produzir seus próprios alimentos, enquanto os heterótrofos dependem de outros organismos para se alimentar, pois não podem produzir seus próprios alimentos. Para produzir seu próprio alimento ou carboidratos, os autótrofos usam dois processos principais: fotossíntese e quimiossíntese.
A fotossíntese é alimentada pela energia do sol, enquanto a quimiossíntese é alimentada pela energia derivada da oxidação de compostos químicos, principalmente substâncias inorgânicas. Existem bactérias fotossintéticas e bactérias quimiossintéticas. As bactérias fotossintéticas produzem alimentos por fotossíntese, enquanto as bactérias quimiossintéticas produzem alimentos pela energia obtida na decomposição química.