A principal diferença entre substrato e sítio ativo é que o substrato é um composto químico que pode sofrer uma reação química, enquanto o sítio ativo é uma região específica de uma enzima.
As enzimas são catalisadores biológicos. São proteínas que podem diminuir a energia de ativação de uma reação química, a fim de reduzir a barreira de energia dessa reação. Portanto, pode aumentar a taxa de uma reação. O reagente da reação em que as enzimas se envolvem é o “substrato”. Este substrato se liga ao sítio ativo da enzima. As reações acontecem lá. Eventualmente, ele libera os produtos da reação.