A principal diferença entre isolamento geográfico e reprodutivo é que o isolamento geográfico é uma categoria de isolamento reprodutivo que se refere à separação de populações de organismos do acasalamento ou troca de seu material genético por limites físicos, enquanto o isolamento reprodutivo se refere a um conjunto de mecanismos que impedem as espécies de acasalar e produzir descendentes férteis.
A fertilização é a união de um espermatozóide e um óvulo para formar um zigoto diplóide durante a reprodução sexual. Se o zigoto produzido estiver maduro, ele acabará se tornando uma prole fértil e saudável. portanto, o isolamento reprodutivo é um processo que evita a formação de uma prole fértil. Essa prevenção pode ocorrer durante o processo de fertilização ou após a fertilização. De qualquer forma, no final, isso cria uma barreira para produzir uma prole fértil que pode dar à luz outra prole fértil. Entre os diferentes mecanismos, o isolamento geográfico é um fator de isolamento reprodutivo.
