A principal diferença entre o zooplâncton e o fitoplâncton é que o zooplâncton é um plâncton heterotrófico não fotossintetizante que é protozoário ou um animal, enquanto o fitoplâncton é um plâncton fotossintético autotrófico que é uma diatomácea, cianobactéria ou algas.
Plânctons são os minúsculos organismos que vivem e flutuam nos oceanos, mares ou corpos de água doce. A maioria deles é microscópica e são importantes fontes de alimento para animais maiores. Existem dois tipos principais de plâncton, nomeadamente zooplâncton e fitoplâncton. Os zooplânctons são heterotróficos e incluem animais que não são capazes de fotossíntese. Por outro lado, o fitoplâncton é o plâncton fotossintético, que é autotrófico. Além disso, os fitoplânctons armazenam energia por meio da fotossíntese e o zooplâncton e o nekton (animais de grande porte que se movem ativamente na coluna d'água) se alimentam deles. Os humanos e outros predadores se alimentam de nekton e de alguns zooplânctons maiores em grande escala. Além disso, as atividades humanas, como a poluição ambiental, afetam em grande parte negativamente esse fluxo de energia que parte do fitoplâncton.
