A principal diferença entre amônia e amônio é que a amônia é uma molécula polar não carregada existindo como um gás à temperatura ambiente, enquanto os íons de amônio são carregados e existem como íons livres em solução ou como compostos de sal cristalizados.
Existem poucas imagens e mesmo certos cheiros que nossas mentes associam imediatamente com amônia ou amônio; isso inclui fertilizantes, resíduos nitrogenados, sabões e até explosivos. Além disso, a maioria das pessoas presume que não há diferença entre amônia e amônia. A grande semelhança entre os dois e o uso mais frequente da palavra amônia como um termo geral para amônia pura e compostos de amônio é o que causa essa confusão.