A principal diferença entre a hibridização interespecífica e intraespecífica é que a hibridização interespecífica ocorre entre dois indivíduos relacionados pertencentes a duas espécies diferentes, enquanto a hibridização intraespecífica ocorre entre dois indivíduos geneticamente divergentes da mesma espécie.
A hibridização é o processo de acasalar ou cruzar indivíduos ou grupos geneticamente diferenciados. O principal objetivo da hibridização é combinar genes desejáveis presentes em diferentes organismos. Além disso, a hibridização é usada na produção de progênies de reprodução pura. O acasalamento pode ser feito entre dois indivíduos da mesma espécie ou entre dois indivíduos de espécies diferentes. Com base nisso, existem dois tipos de hibridização: hibridização intraespecífica e hibridização interespecífica.