A principal diferença entre a proteína reguladora e a repressora é que a proteína reguladora pode promover ou inibir a transcrição de genes. Enquanto isso, a proteína repressora inibe a expressão de um ou mais genes.
Antes de prosseguirmos na discussão da diferença entre proteínas reguladoras e repressoras, vamos discutir brevemente a regulação gênica. Gene é uma sequência específica de nucleotídeos na qual a informação genética é escondida para sintetizar uma proteína. A expressão do gene pode ser regulada de diferentes maneiras. Por meio de diferentes mecanismos, as células controlam a expressão dos genes e seus níveis de expressão. Geralmente, a regulação gênica ocorre no nível da transcrição. Proteína reguladora e proteína repressora são dois tipos de proteínas envolvidas na regulação gênica no nível de transcrição. Essas proteínas regulatórias e proteínas repressoras se ligam a uma sequência específica próxima ao gene e influenciam a transcrição do gene.