A principal diferença entre endosporos bacterianos e esporos fúngicos é a organização celular dos dois tipos de esporos. Endosporos bacterianos são estruturas dormentes presentes em bactérias procarióticas. Os esporos de fungos são estruturas reprodutivas presentes em fungos eucarióticos.
Os endosporos bacterianos estão presentes dentro das células bacterianas e são estruturas dormentes que podem sobreviver às condições ambientais adversas. Consequentemente, esses endosporos germinam quando as condições ambientais adequadas são satisfeitas. Em contraste, os esporos de fungos são exosporos que se liberam para o exterior para esporulação.
