A principal diferença entre fermentação e respiração é que a fermentação ocorre na ausência de oxigênio, enquanto a respiração precisa de oxigênio.
Os organismos requerem energia para realizar atividades celulares. Conseqüentemente, eles geram moléculas de energia na forma de ATP. Eles usam substratos diferentes e se dividem em formas diferentes, e a energia liberadora se converte em moléculas de energia que podem ser usadas pelas células. A glicose é o substrato primário de muitos organismos. Fermentação e respiração são dois processos celulares que geram energia quebrando a glicose por meio de várias etapas. No entanto, a respiração é mais eficiente e produz mais moléculas de ATP do que a fermentação.